Если вы столкнулись с тем, что вам надо удалить целиком каталог из истории git, то это может быть проблемой, так как BFG не поддерживает слеши в путях.

Но есть способ обойти это ограничение. Собираем список всех Id-шников у файлов в каталоге и далее этот список скармливаем в BFG на очистку.

git rev-list --all --objects -- path/to/the/directory/to/delete | git cat-file --batch-check='%(objectname) %(objecttype) %(rest)' | grep -Pe '^\w+ blob' | cut -d' ' -f1 > ./to-delete.txt 

java -jar bfg.jar --no-blob-protection --strip-blobs-with-ids ./to-delete.txt

Ну и финальным шагом не забываем пробежаться скриптом для очистки мусора

git reflog expire --expire=now --all && git gc --prune=now --aggressive

The principle is simple: create a list of object IDs to strip, and input that to BFG. This means that if an object is referenced through a different path it will be nuked nonetheless.

• git rev-list --all --objects -- path/to/the/directory/to/delete
  This will list all objects in the subdirectory referenced in all commits which modify the given path. The format is objectid filepath.You should run this command to check its output matches what you’d expect.
• git cat-file --batch-check='%(objectname) %(objecttype) %(rest)'
  This will qualify the object with its type. It will turn the previous format objectid filepath into objectid type filepath.
• grep -Pe '^\w+ blob'
  This will filter out non-blob objects.
• cut -d' ' -f1 > ./to-delete.txt
  This will extract the object ID and redirect the output into the to-delete.txt file.
• java -jar bfg.jar --no-blob-protection --strip-blobs-with-ids ./to-delete.txt
  This runs BFG, giving it the list of objects to remove.